Chịu tác động nặng nề nhất là các xã vùng biển tại các huyện: Nga Sơn, Hậu Lộc, Hoằng Hóa, Quảng Xương và Tĩnh Gia. Tỷ lệ nước bị ô nhiễm ở các địa phương này lên đến hơn 50%.
Để khắc phục tình trạng này, Sở NN&PTNT và các địa phương đã tăng cường chỉ đạo các hộ nuôi trồng thủy sản thường xuyên kiểm tra nguồn nước, con giống, thực hiện tốt công tác vệ sinh cải tạo ao đầm, xử lý tốt nguồn nước trong suốt quá trình nuôi, xử lý các chất thải gây ô nhiễm môi trường bằng các chế phẩm sinh học...